법인세법 시행령 제2조 제1항 제2호 및 소득세법 시행령 제 33조에 의하여 연구비에 대한 과세는 모든 연구비의 대가성 경비(연구활동비, 인건비 등)에 대하여 기타소득으로 과함
1998년 10월 1일 지급 분부터 적용
대학이 주체가 되어 연구비를 직접 관리하는 경우(중앙관리) : 교수가 연구개발용역 제공으로 받은 모든 연구비 중 대가성 연구비 명칭여하에 불구하고, 기타소득으로 과세함(인건비, 연구활동비 등)
대학이 원천징수 및 지급조서 제출 의무가 있음
교수 개인이 연구 주체가 되어 연구비를 관리하는 경우(개별관리) : 교수 개인이 연구계약을 체결하고, 연구비를 직접 수령한 경우 연구비 총액을 사업소득으로 과세하며, 과세대상 금액이 3백만원 이상일 경우에는 익년 5월말까지 관할세무서에 종합소득신고를 하여야 함
※ 교수 개인이 원천징수 및 지급조서 제출 의무가 있음
수입금액의 80%를 필요경비로 공제 후 원천징수세율 20%를 적용 이를 기타소득세로 기타소득세의 10%가 주민세로 징수된다. 즉, 총 소득금액의 4.4%가 과세로 징수된다.
단, 소득금액이 5만원 이하인 경우에는 원천세를 징수하지 않음
총수입금액(1,000,000원) - 필요경비(총수입금액의 80%=800,000원) = 소득금액(200,000원)
소득금액(200,000원) × 소득세율 20% = 기타소득세(40,000원)
기타소득세(40,000원) × 주민세율 10% = 주민세(4,000원)
총세액 44,000원(기타소득세 40,000원, 주민세 4,000원)